禮拜堂的土地是由馬偕博士在西元1875年買下，提供聚會的場所，1915年的改建，一座面向淡水河鐘樓造型的禮拜堂於焉完成，到了1928年一方面信徒增多，一方面也為了慶祝設60週年，因而禮拜堂在教友募款即馬偕博士的兒子偕叡廉先生向加拿大母會申請補助，隔年買下一旁的牧師樓，經過四年籌備終於順利開工。

淡水教會是馬偕博士親手設立之教會，堪稱北台第一聖會，前人建蓋淡水禮拜堂時亦曾考慮過此一要素。教堂所在之地昔稱「龍目井」，因有雙井比鄰而得名，當年馬偕在此租屋及購屋建堂之地皮，均為地主陳阿順所有。

在一八九○年以前，淡水教會皆在附近租屋，之後才在教堂今址改建第一所教堂。此教堂並無近照但從風景照看來，其風格與馬偕生前所設計之教堂極為相似，該教堂目前僅存基座，古井及那部明治時代之古琴（存於今日教堂內）。

爾後，因教堂老舊不堪使用，遂在一九一五年二度改建。於五月的第二禮拜開工，當時造價為一三九○元，內長四丈寬五丈（約五十五坪），j樑九寸半徑，由吳威廉牧師督工。教堂因磚造外飾白灰而被暱稱「白色禮拜堂」。此教堂使用之大鐘今日尚存，部份座椅亦仍在使用中，至於講台桌椅則已在六○年代贈予小基隆教會。

這所禮拜堂到一九二八年便已容納不下全部信眾，由於當時淡水中學和神學院師生都來此禮拜，並且為了紀念設教六○週年，因此決定重建並開始進行籌畫。建築經費除會友、學生奉獻外，大部份由偕叡廉長老向加拿大母會申請補助。於一九三一年開工，由二世馬偕偕叡廉長老親自設計督工，一九三三年九月完工，是為「設教六十禧年禮拜堂」。

這間禮拜堂最大特色乃是左邊之鐘塔直插天際宛若禱告的手，配合著淡水旖旎風光，遂成了名聞全台的風景線，一直是畫家們最愛的寫生題材。一九八六年教堂因台灣瓦難以維修，而翻換瑞典進口之鋁質浪板，並且更替彩色玻璃，特別是正面和鐘樓的五扇窗戶之圖案，更為這座美麗的教堂憑添典雅別緻之風情，成為淡水的名勝。

禮拜堂是由偕叡廉先生親自設計、監工，並由當時的鍾天技牧師協助，禮拜堂的左側是一鐘塔設計，宛若伸向天際一雙禱告的手，窗戶則用彩色玻璃拼成，流露出一股莊嚴繽紛的色調，增添典雅的風情。　　

淡水禮拜堂美麗的耶穌彩繪玻璃，民眾前往千萬不要意圖破壞，除了破壞會吃上官司之外，歷史的古董也不復永存。

一、捷運：搭乘捷運淡水線至淡水站下車→中正路→馬偕街即可。
二、公車：可乘指2、指10、紅26、紅27、台汽、指南 客運、淡水客運、三重客運。
三、自行開車前往：
1、關渡大橋→接民權路→中正東路→中正路→馬偕街即可。
2、中山高速公路五股出口下，往北走新台五路，經成泰路，過關度大橋，接民權路→中正東路→中正路→馬偕街即可。


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