光緒十五年(1889),清廷將澎湖廳署移至媽宮城(今馬公市),媽宮城隍廟轉成為正式的官衙所在的城隍廟。光緒11年(1885)二月法軍犯澎,城隍廟傳出神明顯靈保佑澎湖人民英勇之神蹟,事後城隍廟與天后宮獲清帝賜匾尊崇,更加封「靈應侯」,此後城隍廟香火更加鼎盛。
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