前身為阿里山寺，於民國八年間建造。當時由暹邏國王(今泰國)親贈一尊已有千年歷史的釋迦牟尼佛像供奉其中，極其珍貴。民國三十四年後改名慈雲寺。

由中山高速公路下嘉義交流道，接１５９縣道往嘉義市區方向前往，過市區後再接入１８號縣道往阿里山方向前行，經觸口、石卓、十字路抵阿里山，再轉入森林遊樂區。（由嘉義交流道至阿里山長約７７公里，開車時間約２小時）