石媽祖的故事是這樣的：相傳在清末時有兩位小牧童在此牧牛，他們看見草叢中有好幾塊巨石，就在石頭上追逐嬉戲，其中一位牧童忽然尿急，就在大石上小解，此時另一位牧童突然看見巨石上有媽祖顯像，兩人便害怕地回家。回家後，那位小解的牧童便生了怪病，只好再回去向石媽祖謝罪，怪病便不藥而癒，此後石媽祖的傳聞不脛而走，香火日益鼎盛，便又興建鎮南宮。

一、搭車：
1、從台北市青島西路搭欣欣客運北碇線，或自中華路搭指南客運２路，至深坑站下即達。
2、自木柵搭台北客運平溪線，至深坑站下車。
二、開車：
1、從北宜高石碇交流道，沿106縣道往深坑方向可達。
2、下北二高深坑聯絡道，循106縣道東行0.7公里即抵。